Հիմնադրամի կառավարման բարձրագույն և հսկողությունն իրականացնող մարմինը հիմնադրամի հոգաբարձուների խորհուրդն է (ՀԽ):
ՀԽ-ն ունի 9 անդամ, որոնք չեն կարող լինել հիմնադրամի այլ մարմնի անդամ: Խորհուրդը կազմված է պետական կառավարման մարմինների, պետական և հասարակական հատվածների ներկայացուցիչներից, որոնց գիտելիքները և փորձը համապատասխանում են ՀԽ անդամի նկատմամբ սահմանված պահանջներին: ՀԽ-ի ներկայացուցչական կազմը սահմանվում է Հիմնադրամի կանոնադրությամբ: ՀԽ անվանական կազմը հաստատվել է ՀՀ վարչապետի 2005թ. Հուլիսի 26-ի N 572-Ա որոշմամբ:
Խորհուրդը ղեկավարվում է «Հիմնադրամների մասին» ՀՀ օրենքով, ՀՀ կառավարության որոշումներով և Հիմնադրամի կանոնադրությամբ սահմանված գործառություններով: Արտաքին ֆինանսավորման ծրագրերով Հայաստանի Հանրապետությանը տրամադրվող միջոցների հաշվին Հիմնադրամի կողմից ծրագրեր իրականացնելիս Խորհուրդը հանդես է գալիս, որպես տվյալ ծրագրի կառավարման մարմին և համակարգում Ծրագրի իրականացման կապակցությամբ գործողությունների իրականացումը:
Խորհրդի իրավասությունների շրջանակը՝
- հիմնադրամի ռազմավարական ծրագրի (ծրագրերի) հաստատում,
- հիմնադրամի բյուջեի, դրանում կատարվող փոփոխությունների, տարեկան ֆինանսական հաշվետվությունների, գործունեության տարեկան հաշվետվությունների հաստատում,
- հիմնադրամի գույքի տնօրինման կարգի հաստատում,
- հիմնադրամի վերակազմակերպման մասին որոշման ընդունում,
- խորհրդի նոր անդամների ընտրության և խորհրդի անդամների լիազորությունների վաղաժամկետ դադարեցման մասին որոշումների ընդունում,
- հոգաբարձուների խորհրդի նախագահի, հիմնադրամի տնօրենի ընտրություն և նրա լիազորությունների դադարեցում, այդ թվում` նաև վաղաժամկետ,
- հիմնադրամի ղեկավար անձնակազմի հաստատում` տնօրենի ներկայացմամբ,
- հիմնադրամի կանոնադրության մեջ փոփոխություն կամ լրացում կատարելու, նոր խմբագրությամբ կանոնադրությունը հաստատելու մասին որոշումների ընդունում,
- տնտեսական ընկերությունների ստեղծման կամ դրանցում մասնակցության, ինչպես նաև առանձնացված ստորաբաժանումների և հիմնարկների ստեղծման և դրանց կանոնադրությունների հաստատման մասին որոշումների ընդունում,
- հիմնադրամի ֆինանսատնտեսական գործունեության վերահսկում,
- եռամսյա պարբերականությամբ հիմնադրամի տնօրենի հաշվետվությունների լսում,
- իր որոշումների կատարման ընթացքի վերահսկում,
- հիմնադրամի աուդիտ իրականացնող անձի ընտրություն,
- օրենքով և սույն կանոնադրությամբ իրեն վերապահված այլ լիազորությունների իրականացում: